Najczęściej wykonywanym zabiegiem pielęgnacyjnym który pozwala na utrzymanie i korygowanie kształtu drzewka jest jego przycinanie. Poszczególne pędy należy przycinać przez cały okres wegetacyjny poniew3aż bez tego zabiegu pędy rosłyby przede wszystkim na długość, nie miałyby odrostów bocznych i mało liści. Poprzez przycinanie pobudza się do rozrostu rośliny, wyrastają pędy boczne tuż ponad miejscem cięcia. Dzięki cięciu gałązki się zagęszczają a co za tym idzie jest więcej liści. Aby drzewko rosło musi być odpowiednio nawadniane i nawożone.
Przycina się poszczególne pędy albo przy pomocy nożyczek jeśli są to starsze okazy lub można uszczykiwać palcami w przypadku roślin młodszych. Drzewka iglaste najlepiej formować przy pomocy rąk gdyż przycinanie nożyczkami może powodować brązowienie końców pędów i ich zasychanie. Jeśli tak się stanie nowe pędy będą wyrastać ale ze znacznym opóźnieniem. Drzewa liściaste można pielęgnować przez uszczykiwanie pędów paznokciami jeśli są one bardzo młode. Najczęściej używa się nożyczek. Przy przycinaniu należy zwrócić szczególną uwagę na długość pozostawionych pędów gdyż można uzyskać efekt niezamierzony a korona może stracić kształt. Najważniejsza jest praktyka.
Drzewko zazwyczaj przetrzyma wszelkie eksperymenty ale niekiedy trzeba czekać długo żeby się pozbyć zbyt pochopnego i mocnego cięcia. Najlepiej zaczynać od małych cięć korygujących. Lepiej zrobić małe cięcie niż pozostawić drzewko aby samo rosło. Zepsuć nie można ale można się doczekać zamiast eleganckiego bonsai zwykłej rośliny nie przyciągającej uwagi. Jeśli bonsai dość brutalnie się przytnie może ono albo zacząć gwałtownie rosnąć lub całkowicie zmarnieć.
Zanim rozpocznie się przycinanie warto przyjrzeć się jak układają się pąki i należy ciąć tuż nad pąkiem. Uważać należy przy tym aby nie uszkodzić kory która okrywa gałązki. Po przycięciu roślina powinna przez pewien czas odpocząć aby się zregenerować. Jeśli nasze bonsai szybko rośnie można je od czasu do czasu podskubać czyli zniszczyć wierzchołki wzrostu.